La franc-maçonnerie a fait l'objet de nombreuses critiques et oppositions aux motifs très variables selon les époques et les pays, qui peuvent se regrouper en trois grands thèmes, par ordre d'apparition historique :
les critiques religieuses ; les critiques politiques ; les scandales liés au monde des affaires. Certains auteurs parlent de « maçonnophobie », bien que ces oppositions soient habituellement regroupées sous les termes génériques d'antimaçonnisme.
Statutairement, la franc-maçonnerie a toujours été ouverte aux membres de toutes les religions . En revanche, elle a, dès le départ, fait l'objet de critiques d'origines religieuses très diverses selon les pays puisqu'elles dépendent des pratiques religieuses et maçonniques spécifiques à chacun d'entre eux. Il est cependant possible d'identifier quelques grandes lignes communes.
La principale opposition religieuse date des origines de la franc-maçonnerie et provient de l'Église catholique, qui considère qu'elle propage le relativisme en matière religieuse, c'est-à-dire l'idée selon laquelle aucune religion ne serait plus vraie que les autres .
La première condamnation de la franc-maçonnerie par l'Église catholique tombe en 1738 avec la bulle du pape Clément XII In eminenti apostolatus specula. Elle est reprise par plusieurs de ses successeurs, dont les papes Benoît XIV dans l'encyclique Providas romanorum (1751), Pie IX dans l'exhortation apostolique Multiplices inter (1865) et Léon XIII dans l'encyclique Humanum genus (1884) .
En 2017, 279 ans après la fulmination de la bulle de Clément XII, le pape François, toujours très critique envers la franc-maçonnerie , refuse un ambassadeur franc-maçon au Vatican. En juillet 2013, dans l’avion de retour des Journées mondiales de la jeunesse à Rio de Janeiro, il se montre fermement opposé aux groupes de pression qui infiltrent selon lui l’Église, dénonçant « les lobbys de la cupidité, les lobbys politiques, les lobbys maçonniques ». De même, lors de sa visite à Turin en juin 2015, dans son discours aux jeunes, le pape argentin critique l'influence des francs-maçons et leur hostilité envers l’Église .
Certaines Églises protestantes s'opposent également à la franc-maçonnerie. L'une des raisons avancées par les fondateurs d'une nouvelle Église, l'« Église méthodiste libre » en 1860, était qu'ils soupçonnaient l'Église méthodiste d'être influencée par les francs-maçons et les membres d'autres sociétés secrètes. L'Église méthodiste libre continue d'ailleurs à interdire à ses membres d'en faire partie. Récemment encore, la Southern Baptist Convention, la plus importante association baptiste des États-Unis, a déclaré elle aussi que l'appartenance à la franc-maçonnerie était incompatible avec ses croyances .
Les critiques musulmanes à l'encontre de la franc-maçonnerie sont rares et historiquement récentes. Mais elles n'en demeurent pas moins épisodiquement virulentes. À ce titre, le 15 juillet 1978, une fatwa est prononcée en Égypte par le Collège islamique de l'université al-Azhar du Caire. Celle-ci prohibe formellement l'initiation maçonnique aux musulmans. Toutefois, de nombreux pays de traditions musulmanes comme le Maroc, la Turquie ou encore l'Algérie n'ont pas intégré cette fatwa dans le cadre de leurs législations respectives .
La franc-maçonnerie a été l'objet de nombreuses attaques de partis politiques catholiques, d'extrême droite, antisémites, antiparlementaires, communistes, ou simplement anti-maçonniques, par exemple sous forme d'accusation de complot maçonnique. La plupart des pouvoirs totalitaires l'ont combattue. Aujourd'hui encore, elle est généralement très mal vue par les extrêmes de droite ou de gauche . Réciproquement, le fait d'avoir tenu des propos extrémistes est incompatible avec l'entrée dans de nombreuses obédiences maçonniques de plusieurs pays .
Dans certaines monarchies, la franc-maçonnerie fut interdite pour des motifs politiques. À titre d'exemple, si les persécutions antimaçonniques d'Espagne, en 1740, puis du Portugal, en 1744, ont une origine plus probablement religieuse que véritablement politique, celles du XIXe siècle en Espagne sont liées à des problématiques politiques, notamment à l'engagement de nombreux francs-maçons en faveur de l'indépendance des colonies espagnoles d'Amérique du Sud .
Bien que quelques communistes célèbres aient pu être francs-maçons à une période de leur vie, notamment en France (Marcel Cachin, André Marty...), les partis communistes ont, à partir des années 1920, majoritairement condamné la franc-maçonnerie, considérée comme étant d'origine bourgeoise.
En 1922, les bolcheviks déclarent préparer une révolution mondiale. Pour Léon Trotski, l'appartenance à une loge maçonnique suppose la collaboration de classe, nécessairement contre-révolutionnaire, et donc incompatible avec le militantisme révolutionnaire : « La franc-maçonnerie est une plaie sur le corps du communisme français, qu'il faut brûler au fer rouge » . Trotski demande à la direction du Parti communiste français de donner l'ordre à ses adhérents maçons de quitter leurs loges : « La dissimulation par quiconque de son appartenance à la franc-maçonnerie sera considérée comme une pénétration dans le parti d'un agent de l'ennemi et flétrira l'individu en cause d'une tache d'ignominie devant le prolétariat » .
Exception notable, à Cuba, où de nombreux francs-maçons avaient participé à la révolution , la Grande Loge de Cuba a pu reprendre ses travaux, malgré le départ en exil de ses dirigeants précédents et la fondation en Floride d'une obédience nommée Grande Loge de Cuba en exil .
Le nombre de francs-maçons tués à l'époque nazie n'est pas exactement connu mais les archives du Reichssicherheitshauptamt (RSHA, bureau du haut commandement des services de sécurité), démontrent que des persécutions de francs-maçons furent organisées bien que la plupart des quelque 600 loges et 70 000 membres que comptait la francmaçonnerie allemande vers 1933 aient tenté de survivre en composant avec le régime jusqu'au 17 août 1935, date de la dissolution des dernières loges .
Plus généralement à travers l'Europe, les historiens estiment que la plupart de ceux pour lesquels ces persécutions allèrent jusqu'à la déportation furent envoyés à la mort pour un ensemble de motifs (dont le plus souvent leur engagement dans les mouvements de résistance ou leur appartenance aux peuples exterminés par les nazis), et très rarement seulement au motif exclusif de leur appartenance maçonnique .
La loge belge « Liberté chérie » est connue pour avoir été fondée à l'intérieur du camp de concentration d'Esterwegen et y avoir fonctionné pendant environ un an.
En 1948, le myosotis, cette petite fleur bleue appelée « ne m'oubliez pas » (« Vergissmeinnicht » en allemand) fut adopté comme emblème par la Grande Loge unie d'Allemagne à l'occasion de sa première conférence annuelle. Souvent représentée sous la forme d'un pictogramme, elle rappelle dans ce contexte particulier le souvenir de tous ceux qui ont souffert au nom de la franc-maçonnerie, surtout durant la période nazie.

Dans certains pays où sont présentes des obédiences maçonniques qui s'engagent dans la réflexion politique, cet engagement a fait l'objet d'oppositions, elles aussi politiques. C'est par exemple le cas en Belgique et en France au sujet des lois relatives à la laïcité ou à la contraception .
Certains considèrent que la franc-maçonnerie n'est en fait qu'un vaste réseau social construit dans l'intérêt de ses membres.
Des pratiques douteuses ont parfois impliqué des francs-maçons voire des loges entières, telle l'affaire des casseroles en France au début du XXe siècle, l'affaire Roberto Calvi ou celle de la Loge P2 dans l'Italie des années 1980.